ولد السيستاني في مدينة مشهد شرق إيران حيث يوجد ضريح الإمام علي الرضا (ع) ثامن أئمة الشيعة في التاسع من شهر ربيع الاول عام 1349 هجري أي في 4 اغسطس1930 ميلادي. والده من القرعة هو العالم المقدس ( السيد محمد باقر ) ووالدته هي العلوية الجليلة كريمة العلامة ( المرحوم السيد رضا المهرباني السرابي ) .. والدته كانت تتمتع كثيرا تقرباً لله سبحانه وتعالى .. فكانت قد تزوجت بالعقد المنقطع الفقيه الكبير السيد محمد الحجة الكوهكمري (قده) ، وبعد فترة تزوجت آية الله الميرزا محمد مهدي الاصفهاني (قده) متعة ، وبعد مدة تزوجت من العالم المقدس السيد محمد باقر متعة ، وبعد هذا الزواج المتكرر حملت والدة السيد السيستاني دام ظله بالسيد السيستاني ، ولم تكن تعلم بمن يلحق السيد السيستاني .. فانتقلت والدته الى الحوزة العلمية الدينية في قم المقدسة فافتى لها المرجع الكبير السيد حسين الطباطبائي البروجردي وقال بما أن علاقة الأول قد انقطعت فلا يلحق السيد السيستاني به ، وحينئذ إن كان عقد الأول والثاني كلاهما في زمان مدة الأول ، فالعقدان كلاهما باطل ، ويكون الوطئ من كليهما شبهة ، وعليه فيكون السيد السيستاني مرددا بينهما ، فبالقرعة اختاروا العالم المقدس السيد محمد باقر قدس سره والد السيد السيستاني دام ظله ..